Компания Oxford Nanopore Technologies представила высокоэффективные электронные устройства GridION и MinION для определения последовательности оснований в цепочке ДНК (секвенции). Сверхбольшая длина считываемой последовательности, высокая пропускная способность и выдача результатов секвенсирования в реальном времени – эти особенности взорвут рынок, когда, уже в текущем году, Oxford Nanopore начнет прямые поставки приборов заказчикам.
Система GridION состоит из масштабируемых приборов (узлов), используемых с расходуемыми картриджами, содержащими собственный массив чипов с измерительными нанопорами. Каждый узел и картридж GridION изначально были разработаны так, чтобы выдавать суточный объем секвенсированных данных в десятки ГБ, с возможностью пользовательской настройки времени работы от нескольких минут до нескольких дней, в соответствии с программой эксперимента. Каждый картридж может в реальном времени секвенсировать до 2000 нанопор одновременно. Альтернативные конфигурации с еще большим количеством обрабатывающих ядер будут доступны в начале 2013 года и будут содержать более 8000 нанопор.
Узел GridION с расходным картриджем
Узлы могут быть сгруппированы и соединены с вычислительными устройствами, что позволит увеличить количество проводимых единовременно экспериментов при необходимости сокращения времени получения результатов. Например, установка с 20 узлами в конфигурации с 8000 нанопор смогла бы проанализировать геном человека за 15 минут.
Система GridION
В каждом узле GridION содержатся аппаратные вычислительные средства и управляющее программное обеспечение, необходимые для первичного анализа данных, последовательно поступающих от каждой нанопоры и собирающихся в полноценный информационный пакет, который может использоваться для выполнения вторичного анализа уже в ходе эксперимента. Это позволяет пользователю предопределять задачу эксперимента и проводить процесс секвенсирования до тех пор, пока не будет накоплено достаточно данных, чтобы достичь цели текущего эксперимента и переходить к следующему.
Oxford Nanopore разработала также уменьшенный вариант ДНК-секвенсора – одноразовый прибор MinION, выполненный в форме USB-флеш-накопителя. Его компактность, простота и низкая стоимость сделают анализ ДНК доступным для каждого. Предполагаемая розничная цена на MinION не превысит $900.
Компания Oxford Nanopore Technologies представила высокоэффективные электронные устройства GridION и MinION для определения последовательности оснований в цепочке ДНК (секвенции). Сверхбольшая длина считываемой последовательности, высокая пропускная способность и выдача результатов секвенсирования в реальном времени – эти особенности взорвут рынок, когда, уже в текущем году, Oxford Nanopore начнет прямые поставки приборов заказчикам.
Система GridION состоит из масштабируемых приборов (узлов), используемых с расходуемыми картриджами, содержащими собственный массив чипов с измерительными нанопорами. Каждый узел и картридж GridION изначально были разработаны так, чтобы выдавать суточный объем секвенсированных данных в десятки ГБ, с возможностью пользовательской настройки времени работы от нескольких минут до нескольких дней, в соответствии с программой эксперимента. Каждый картридж может в реальном времени секвенсировать до 2000 нанопор одновременно. Альтернативные конфигурации с еще большим количеством обрабатывающих ядер будут доступны в начале 2013 года и будут содержать более 8000 нанопор.
Узлы могут быть сгруппированы и соединены с вычислительными устройствами, что позволит увеличить количество проводимых единовременно экспериментов при необходимости сокращения времени получения результатов. Например, установка с 20 узлами в конфигурации с 8000 нанопор смогла бы проанализировать геном человека за 15 минут.
В каждом узле GridION содержатся аппаратные вычислительные средства и управляющее программное обеспечение, необходимые для первичного анализа данных, последовательно поступающих от каждой нанопоры и собирающихся в полноценный информационный пакет, который может использоваться для выполнения вторичного анализа уже в ходе эксперимента. Это позволяет пользователю предопределять задачу эксперимента и проводить процесс секвенсирования до тех пор, пока не будет накоплено достаточно данных, чтобы достичь цели текущего эксперимента и переходить к следующему.
Oxford Nanopore разработала также уменьшенный вариант ДНК-секвенсора – одноразовый прибор MinION, выполненный в форме USB-флеш-накопителя. Его компактность, простота и низкая стоимость сделают анализ ДНК доступным для каждого. Предполагаемая розничная цена на MinION не превысит $900.
Перевод: Mikhail R по заказу РадиоЛоцман
На английском языке: Oxford Nanopore introduces the high-throughput GridION platform for DNA sequencing and MinION, a sequencer the size of a USB memory stick